BioDX

バイオDX

産業有用生物のゲノム解析に特化した、伴走型バイオインフォマティクスサービス

BioDX

バイオDXとは

バイオDX（Bio-Digital Transformation）は、バイオテクノロジーとデジタル技術を組み合わせて、産業の研究開発を進める取り組みです。プラチナバイオはこの手法で、さまざまな産業で使われる生物資源の活用を支援します。

発酵微生物、農作物、水産生物といった産業有用生物のゲノム解析には、モデル生物とは異なる固有の難しさがあります。参照ゲノムがない、多倍体である、アノテーション情報が限られているといった事情です。プラチナバイオは、これらの課題を理解したうえで、お客様と一緒に目的に合った解析戦略を設計する伴走型カスタム解析を提供します。

Value

プラチナバイオのバイオDXがもたらす価値

プラチナバイオのバイオDXは、ゲノムデータの取得とバイオインフォマティクス解析により、データ駆動型の意思決定を支援し、的確かつ迅速な方針策定を可能にします。効率的な実験設計と解析によって無駄な実験を削減し、コスト削減にも貢献します。

未開拓の有用生物資源のゲノムデータを活用することで、新しい市場や製品の開発につなげます。また、環境適応型の品種開発や生物ベースの材料生産を通じて、持続可能性への貢献も実現しています。

さらに、広島大学との連携により、大学の研究成果を実用化につなげ、競争力のある製品・サービスの創出を支援しています。

Reasons

プラチナバイオのバイオDXの5つの特長

  1. 01

    伴走型カスタム解析

    データを納品して終わりにはしません。プラチナバイオは生物種と目的に応じて解析を設計し、結果の解釈と次のアクションまで支援します。納品後の追加解析や解析環境の構築も継続して支援します。

  2. 02

    広島大学に共同研究講座を設置

    プラチナバイオは、広島大学との共同研究講座バイオDX研究室（大学院統合生命科学研究科 坊農 秀雅 教授）を設置しています。大学で開発された手法を産業有用生物の解析に適用し、標準的なアプローチでは得られない知見を引き出します。

    ゲノムアセンブリとアノテーションの手法、GTDB（Genome Taxonomy Database）などのゲノム系統にもとづくデータベース、産業有用生物に合わせた解析パイプラインを、共同研究を通じて取り入れています。

  3. 03

    産業有用生物の豊富な実績

    プラチナバイオは、モデル生物ではなく産業有用生物を中心に解析実績を積み重ねてきました。微生物では糸状菌、酵母、細菌、微細藻類、植物では穀物、野菜、果樹、海藻、動物では魚類や実験動物を扱っています。

    産業有用生物のゲノム解析で蓄積した経験を、次のプロジェクトの実験設計と解析手法の選定に活かします。

  4. 04

    目的に合わせたリードの選択

    目的に応じて、ロングリード（PacBio HiFi）とショートリードを使い分けます。ロングリードは de novo アセンブリ、Iso-Seq（全長アイソフォームシーケンシング）、16S rRNA 全長アンプリコン解析に、ショートリードは変異解析や RNA-seq（RNA シーケンシング）に用います。

    多検体の系統データ解析には、低コストのジェノタイピング手法 GRAS-Di（シーケンシングは外注）を組み合わせます。

  5. 05

    ワンストップ対応

    DNA や RNA の抽出から解析、レポートまで一貫して対応します。サンプル送付、核酸抽出、ライブラリ調製、シーケンシング、解析、レポート、継続支援までを一つの窓口で進めます。

    お客様は生体サンプルを送付するだけで、実験設計のご相談からデータの解釈、次のアクションの提案までを受けられます。

Publications

1. Tamura K, Sakamoto M, Tanizawa Y, Mochizuki T, Matsushita S, Kato Y, et al. A highly contiguous genome assembly of red perilla (Perilla frutescens) domesticated in Japan. DNA Res. 2023;30(1):dsac044. https://doi.org/10.1093/dnares/dsac044

2. Nakamae K, Bono H. Genome editing and bioinformatics. Gene and Genome Editing. 2022;3–4:100018. https://doi.org/10.1016/j.ggedit.2022.100018

3. Toga K, Sakamoto T, Kanda M, Tamura K, Okuhara K, Tabunoki H, et al. Long-read genome assembly of the Japanese parasitic wasp Copidosoma floridanum (Hymenoptera: Encyrtidae). G3 (Bethesda). 2024;14(8):jkae127. https://doi.org/10.1093/g3journal/jkae127

4. Nakamae K, Bono H. DANGER analysis: risk-averse on/off-target assessment for CRISPR editing without a reference genome. Bioinform Adv. 2023;3(1):vbad114. https://doi.org/10.1093/bioadv/vbad114

5. Nakamae K, Kakuzaki T, Yamamoto K. Machine learning of transcriptome data treated with DNA base editor. Preprint. 2023. https://doi.org/10.37044/osf.io/zytkj

6. Nakamae K, Ide S, Ohnuki N, Nakagawa Y, Okuhara K, Bono H. PtWAVE: a high-sensitive deconvolution software of sequencing trace for the detection of large indels in genome editing. BMC Bioinformatics. 2025;26(1):114. https://doi.org/10.1186/s12859-025-06139-8

7. Nakamae K, Bono H. Workflow for Fine-Tuning and Evaluating DNA Language Models for Specific Genomics Issues. Bio Protoc. 2026;16(8):e5676. https://doi.org/10.21769/BioProtoc.5676

Services

主なサービス

案件のヒアリングでは、お客様の研究目的、生物種、予算をお伺いし、目的に合ったシーケンス戦略と解析プランをご提案します。「こんなことができるか」「費用感を知りたい」といったご相談も歓迎します。詳しくは各サービスのページをご覧いただくか、お問い合わせページからご連絡ください。

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