Bio-DX
High-Throughput Genome Sequencing and Analysis for Industrially Useful Organisms
At PtBio, we enable high-throughput genome sequencing and analysis for industrially useful organisms using the advanced long-read sequencer "PacBio Sequel IIe".
To meet your specific research needs, we also offer Oxford Nanopore long-read sequencing, Illumina short-read sequencing, or Hi-C Scaffolding, tailored to your target organism and objectives.
1. de novoゲノムアセンブリ
参照配列のない生物のゲノムを初めて決定します。
こんな方に：
-
品種間・系統間の遺伝的差異を明らかにしたい
-
有用形質に関連するマーカーを同定したい
-
MAS/GS育種（マーカー支援 選抜／ゲノミックセレクション）の基盤データを構築したい
主な解析内容： SNV〜構造変異の検出、多倍体対応、集団遺伝学解析、品種判定マーカー提案
2. 全ゲノムジェノタイピング
既知ゲノムに対する変異・多型を網羅的に検出します。
こんな方に：
-
品種間・系統間の遺伝的差異を明らかにしたい
-
有用形質に関連するマーカーを同定したい
-
MAS/GS育種（マーカー支援選抜／ゲノミックセレクション）の基盤データを構築したい
主な解析内容： SNV〜構造変異の検出、多倍体対応、集団遺伝学解析、品種判定マーカー提案
Service Plans
Service Plans
産業有用生物には、「標準パイプライン」では対応できない課題があります。
モデル生物と異なり、産業有用生物は参照ゲノムの品質が低い、アノテーション情報が乏しい、多倍体である、近縁種との比較が困難——といった固有の課題を抱えています。
プラチナバイオは、お客様の研究目的と生物種の特性を理解した上で、最適な実験設計から解析・解釈までを一緒に考える「伴走型」のカスタム解析で、これらの課題を解決します。
ヒアリングで解決できること
得られたデータの解釈が難しい
生物学的意味づけと次のアクション提案
どの解析が必要かわからない
研究目的に応じた解析メニューの選定
参照ゲノムがない・品質が低い
最適なシーケンス戦略の設計、de novo構築
社内にバイオインフォ人材がいない
継続的な解析支援・解析環境の構築支援
お客様の課題
プラチナバイオの提案例
プラチナバイオの強み
-
伴走型カスタム解析：生物種・目的に応じた実験設計から解釈まで一貫支援
-
広島大学共同研究講座：大学院統合生命科学研究科坊農研究室との共同研究で最新手法を適用
-
産業生物の実績：非モデル生物のゲノム解読経験が豊富
-
ワンストップ対応：継続的な解析支援・解析環境の構築支援
Service Plans
GRAS-Di
低コストジェノタイピング (シーケンスは外注)
多検体の系統解析・育種データ解析
Oxford Nanopore
ロングリード
反復配列・構造変異の解明
Illumina ショートリード
高精度・高スループット
変異検出・ジェノタイピング
PacBio Sequel IIe (HiFi)
高精度ロングリード (15-20kb)
de novoアセンブリの主軸
Hi-C (Dovetail Omni-C)
染色体レベルスキャフォールディング
染色体単位のゲノム構築
技術
特徴
用途
検出可能な変異タイプ
逆位・転座
-
✔︎
短鎖欠失・挿入 (< 50bp)
✔︎
✔︎
一塩基置換 (SNV)
✔︎
✔︎
変異タイプ
ショートリード
ロングリード
長鎖欠失・挿入 (≥ 50bp)
△
✔︎
コピー数変異 (CNV)
△
✔︎
Service Plans
費用はプロジェクトの内容により異なります。以下の事例を参考に、お気軽にご相談ください。
産業用植物のゲノム多型解析
数品種
ショートリード＋全ゲノムジェノタイピング＋品種間比較
約80万円
産業用微生物の継代変異解析
1株
HiFiシーケンス＋de novoアセンブリ＋継代変異検出
約120万円
産業用糸状菌の全ゲノム解析
1株
HiFiシーケンス＋de novoアセンブリ＋機能アノテーション＋変異解析
約150万円
事例
サンプル数
解析内容
費用概算
実験動物のゲノム変異解析
数サンプル
ショートリード＋全ゲノム変異解析
約50万円
微生物のゲノム比較解析
複数株
HiFiシーケンス＋de novoアセンブリ＋比較ゲノム解析
要相談
Service Plans
基本納品物
-
シーケンスデータ（FASTQ）
-
アセンブリ配列 / 変異情報（FASTA, VCF）
-
遺伝子アノテーション（GFF）
-
解析レポート（PDF）
サンプル
-
[アセンブリレポート例]（placeholder_assembly_report.pdf）
-
[アノテーション結果例]（placeholder_annotation_sample.png）
-
[変異解析レポート例]（placeholder_variant_report.pdf）
オプション納品物
-
ゲノムビューア（JBrowse2）
-
相同性検索（BLAST）データベース
サンプル
-
[JBrowse2画面例]（placeholder_jbrowse_screenshot.png）
-
[BLAST検索画面例]（placeholder_blast_screenshot.png）
5
納品
1〜2週間
4
解析
約1ヶ月
3
シーケンス
1〜2週間
2
サンプル送付
1〜2週間
1
ヒアリング
随時
Service Plans
ヒアリングでは、お客様の研究目的・生物種・予算をお伺いし、最適なシーケンス戦略と解析プランをご提案します。
納品後の継続的な解析環境についてもご提案可能です。詳しくはご相談ください。
どんな生物に対応していますか？
植物、動物、微生物、真菌など、基本的にあらゆる生物種に対応可能です。産業有用生物を中心に多数の解析実績があります。
多倍体でも解析できますか？
はい。専用パイプラインで3倍体以上のゲノムも正確に解析します。
社内にバイオインフォの専門家がいませんが大丈夫ですか？
はい。解析結果の解釈から次のアクション提案まで、伴走型でサポートします。
納期はどれくらいですか？
標準的なプロジェクトで2〜3ヶ月程度です。緊急対応も可能ですのでご相談ください。
サンプルの送付方法は？
冷凍または冷蔵で送付いただきます。DNA/RNA抽出済みサンプ ルでも、生体サンプルからの抽出でも対応可能です。
費用の見積もりだけでも可能ですか？
はい。ヒアリングで概算見積もりをご提示します。
Service Plans
Service Plans
ゲノム解析のご相談・お見積もりはお気軽にどうぞ。
