2021-05-25:バイオDXの研究成果を、坊農秀雅らが発表

広島大学大学院統合生命科学研究科の小野擁子大学院生と坊農秀雅特任教授(弊社・科学技術顧問)は、複数の公共DBから収集した低酸素刺激有無のすべての遺伝子の発現情報(トランスクリプトーム)の変化を評価する、データ駆動型のメタ解析手法を構築しました。収集したトランスクリプトーム情報と、公共DBにあるすべての論文(ビブリオーム)に掲載された遺伝子の情報を統合するマルチオミックス解析によって、新規の低酸素応答性遺伝子を複数発見しました。


現在、公共DBに蓄積したデータを自らの研究に利用するバイオデジタルトランスフォーメーション(バイオDX)が注目されており、本成果はデータ駆動型研究の先駆的な事例となります。


詳細については、参考リンクをご参照ください。


<参考リンク>

○【研究成果】マルチオミックス解析手法によって新規の低酸素応答性遺伝子を発見~公共遺伝子発現データと文献データのデジタルトランスフォーメーション~

○Multi-Omic Meta-Analysis of Transcriptomes and the Bibliome Uncovers Novel Hypoxia-Inducible Genes

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科学技術顧問の坊農秀雅(広島大学大学院統合生命科学研究科・特任教授)らは、公共データベース(公共DB)上の遺伝子発現解析実験データを統合的に再解析するメタ解析の手法を用いることによって、植物の低酸素ストレス応答に関与する新規候補遺伝子を発見しました。 近年気候変動により大規模洪水が頻発するようになり、長時間冠水状態に置かれた植物は低酸素ストレスにさらされることが知られており、農作物の収量減少の一因